Предприятием проведен ряд технологических НИОКР, а разработанные по технологиям изделия поставлены на космические аппараты (КА). В настоящее время АО «Институт навигации» является одной из ведущих научно-технических организаций отрасли в области разработки технологий изготовления узкоспектральных фотоприемных устройств для квантовых стандартов частоты на основе рубидия, бескорпусных полупроводниковых элементов СВЧ диапазона с балочными выводами на основе полупроводниковых и диэлектрических мембран, сверхчерных покрытий со сверхнизким отражением диффузного излучения.
В период с 2013 по 2021 год предприятием реализовано несколько инновационных НИОКР. Изделия, изготовленные по технологиям, разработанным Обществом, по своим техническим характеристикам находятся на уровне лучших зарубежных аналогов и работают как в составе космических систем, так и на платформах КА. Работы проводились по заказам Федерального космического агентства и Госкорпорации «Роскосмос» в рамках ФКП-2025, ФЦП ГЛОНАСС 2012-2020 и др., а также по заказу таких головных исполнителей: АО (ранее ФГУП) «НПО имени С.А. Лавочкина, АО «ГНПРКЦ «ЦСКБ «Прогресс», АО «РИРВ», г. Санкт-Петербург, АО «НПЦ «Лептон», АО (ранее ФГУП) «ЦНИИмаш» и других.
В 2017 году тематика предприятия была расширена в направлении развития средств координатно-временного и навигационного обеспечения (КВНО) за счет реализации договора на создание комплекса калибровки крупноапертурных антенных систем и начала работ по созданию системы сертификации ГЛОНАСС в интересах гражданских потребителей. Данные работы выполнялись в рамках ФЦП «ГЛОНАСС 2012–2020» по заказам ФГУП «ВНИИФТРИ» и Госкорпорации «Роскосмос» соответственно.
Распоряжением Госкорпорации «Роскосмос» АО «Институт навигации» назначено исполнительной организацией по размещению иностранных станций сбора данных навигационных спутниковых систем (далее – НСС) на территории Российской Федерации. АО «Институт навигации» оказывает комплексную услугу по размещению на территории Российской Федерации зарубежных станций сбора данных НСС и их технической поддержке на весь период эксплуатации.
Разработаны базовые технологии изготовления бескорпусных СВЧ и оптико-электронных приборов.